El origen del maratón se sitúa en el año 490 a. C. tras la victoria griega en la Batalla de Maratón, lo que supondría el final de la I Guerra Médica.
La I Guerra Médica había comenzado en el año 492 a. C., cuando los persas decidieron iniciar la invasión de Grecia como castigo a Atenas y a Eretría, ya que éstas habían apoyado la sublevación de las ciudades jonias contra el Imperio Persa. Según relataría Heródoto, Dario I, rey de Persia, habría ordenado a sus ayudantes de cámara que le recordaran en cada comida:
"¡Gran rey, no te olvides de los atenienses!"
En el año 492 a. C. el Imperio Persa, al mando de Mardonio conquistó Tracia y sometió a Macedonia. Sin embargo la flota fue destruída por una tormenta y no pudieron continuar con su cometido. Al año siguiente Darío I mandó embajadores a toda Grecia exigiendo su sumisión. Fueron muchas las que aceptaron, pero Atenas y Esparta se negaron matando al embajador. Este sería el desencadenante de una nueva campaña militar llevada a cabo por Darío.
En el año 490 a. C., el ejército persa partió hacia la costa griega bajo el mando de Artafernes y Datis. Desembarcaron en la bahía de Maratón, adecuada, debido a su gran extensión, para el despliegue de todas las tropas persas. Éstas superaban en número a las atenienses, por lo que Milcíades, general ateniense, envió a Filípides a pedir ayuda a Esparta, quien pospuso el envío de tropas hasta la finalización de sus juegos.
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Sin embargo, la estrategia llevada a cabo por Milcíades supuso la victoria griega en Maratón y obligó a los persas a retirarse.
Los ancianos, mujeres y niños atenienses se encontraban en la acrópolis de Atenas esperando noticias de la batalla, así que Milcíades envió a Filípides a proclamar la noticia. Éste recorrió corriendo los aproximadamente 40 kilómetros que separaban Maratón de Atenas y al llegar exclamó:
"¡Alegraos atenienses, hemos vencido!"
Nada más anunciar la victoria, Filípides murió de agotamiento.
Fue en el año 1896 cuando tuvo lugar el primer maratón en las Olimpiadas de Atenas, con una distancia de 40 kilómetros. La actual distancia de 42,195 kilómetros se estableció en los Juegos Olímpicos de París en 1924.
